Hugo Obermaier wurde an 29. Januar 1877 in Regensburg als Sohn des Kgl. Schulrates Anton Obermaier geboren. Nach Schulbesuch und Studium in seiner Heimatstadt erhielt er 1900 die Weihe zum weltlichen Priester. 1901-1904 studierte er in Wien bei Penck, Forster, Szombathy und Hoernes die Fächer Prähistorische Archäologie, Physische Geographie, Geologie, Paläontologie, Ethnologie, Deutsche Philologie und Menschliche Anatomie. 1904 wurde er mit einer Arbeit über “Die Verbreitung des Menschen während des Eiszeitalters in Mitteleuropa” promoviert. Nach seiner Habilitation 1908 in Wien wurde er gegen den Widerstand seines Lehrers Penck ebendort 1909 Privatdozent. Während dieser Zeit unternahm er zahlreiche Reisen in verschiedene Länder Europas, die ihm die Bekanntschaft und langjährige Freundschaft mit führenden Prähistorikern seiner Zeit einbrachten. 1911 wurde Obermaier als Professor an das neu gegründete Institut de Paléontologie Humaine in Paris berufen.
He was surprised by the outbreak of World War I during a stay in Spain. As a German, he was not allowed to return to France. Obermaier stayed in Spain, where he worked at the Museo Nacional de Ciencias Naturales in Madrid, until he was called to the Universidad Central von Madrid in 1922. He was employed there until the beginning of the Spanish Civil War. He declined the call to the vacant professorship of Max Ebert in Berlin in 1933, because Berlin was too far from his second home in Spain, where he had become a citizen, and where he used to research. He also recognized the beginning of national-socialism.
1936 überraschte Obermaier der Ausbruch des Spanischen Bürgerkrieges in Oslo, wo er sein Land offiziell auf dem Congrès International d’Archéologie Préhistorique et Protohistorique vertrat. Allen Bemühungen seiner Freunde, insbesondere des Herzogs von Alba, zum Trotz, ihn wieder für Madrid zu gewinnen, entschloss sich Obermaier 1939, eine Professur in Freiburg in der Schweiz anzunehmen und nicht mehr nach Spanien zurückzukehren. Die angegriffene Gesundheit, die ungeklärte Frage seiner Altersversorgung in Spanien und die Tatsache, dass sein Schüler Martínez Santa Olalla öffentlich den angestammten Lehrstuhl für sich reklamierte und er nicht mit diesem in Konkurrenz treten wollte, bewegten ihn zu diesem Entschluss, den er schweren Herzens fasste.
Obermaier died after long illness on 12th of November in 1946 in the Salesianum of Freiburg. He was buried in Freiburg with all honours. He rested there until the administration closed his grave unnoticed by his colleagues. Since 1986, a commemorative plaque at the university building reminds visitors to this great academic.
The „Hugo Obermaier-Gesellschaft für Erforschung des Eiszeitalters und seiner Kulturen“ was founded on the 23th of June in 1951 at the University of Regensburg. It was founded by professor Lothar Zotz from Erlangen. The targets of the society are to advocate the Palaeolithic research and to form connections with foreign colleagues. Soon it came to mind, that the exclusive focus on Palaeolithic research would not be useful, and so in 1956 the society’s name was changed to “Hugo Obermaier-Gesellschaft für Erforschung des Eiszeitalters und der Steinzeit" to reflect continuous aspects from the Palaeolithic to the Mesolithic and Neolithic.