Hugo Obermaier wurde an 29. Januar 1877 in Regensburg als Sohn des Kgl. Schulrates Anton Obermaier geboren. Nach Schulbesuch und Studium in seiner Heimatstadt erhielt er 1900 die Weihe zum weltlichen Priester. 1901-1904 studierte er in Wien bei Penck, Forster, Szombathy und Hoernes die Fächer Prähistorische Archäologie, Physische Geographie, Geologie, Paläontologie, Ethnologie, Deutsche Philologie und Menschliche Anatomie. 1904 wurde er mit einer Arbeit über “Die Verbreitung des Menschen während des Eiszeitalters in Mitteleuropa” promoviert. Nach seiner Habilitation 1908 in Wien wurde er gegen den Widerstand seines Lehrers Penck ebendort 1909 Privatdozent. Während dieser Zeit unternahm er zahlreiche Reisen in verschiedene Länder Europas, die ihm die Bekanntschaft und langjährige Freundschaft mit führenden Prähistorikern seiner Zeit einbrachten. 1911 wurde Obermaier als Professor an das neu gegründete Institut de Paléontologie Humaine in Paris berufen.
Der Ausbruch des Ersten Weltkrieges überraschte ihn in Spanien. Als Reichsdeutscher konnte er nicht mehr nach Frankreich zurückkehren. Obermaier blieb in Spanien, wo er zunächst am Museo Nacional de Ciencias Naturales in Madrid arbeitete, bis er 1922 an die Universidad Central von Madrid berufen wurde, der er bis zum Ausbruch des Spanischen Bürgerkrieges als außerplanmäßiger Professor angehörte. Den Ruf an die Universität Berlin auf den vakanten Lehrstuhl Max Eberts lehnte er 1933 trotz schwerer Entscheidung ab, da ihn die Übersiedlung nach Berlin allzu weit von seiner zweiten, der spanischen Heimat, deren Bürger er geworden war, und von seinem eigentlichen Forschungsgebiet getrennt hätte; weiterhin aber auch, weil er nach Auskunft seiner Nichte die nationalsozialistische Katastrophe heraufziehen sah.
1936 überraschte Obermaier der Ausbruch des Spanischen Bürgerkrieges in Oslo, wo er sein Land offiziell auf dem Congrès International d’Archéologie Préhistorique et Protohistorique vertrat. Allen Bemühungen seiner Freunde, insbesondere des Herzogs von Alba, zum Trotz, ihn wieder für Madrid zu gewinnen, entschloss sich Obermaier 1939, eine Professur in Freiburg in der Schweiz anzunehmen und nicht mehr nach Spanien zurückzukehren. Die angegriffene Gesundheit, die ungeklärte Frage seiner Altersversorgung in Spanien und die Tatsache, dass sein Schüler Martínez Santa Olalla öffentlich den angestammten Lehrstuhl für sich reklamierte und er nicht mit diesem in Konkurrenz treten wollte, bewegten ihn zu diesem Entschluss, den er schweren Herzens fasste.
Am 12. November 1946 verstarb Obermaier nach langer, schwerer Krankheit, versehen mit allen christlichen Sakramenten, im Freiburger Salesianum. Er wurde in Freiburg mit allen Ehren bestattet und ruhte dort in Frieden, bis die Behörden unbemerkt von allen Kollegen sein Grab auflösten. So erinnert allein eine Gedenktafel, die 1986 in seiner alten Hochschule anlässlich der 28. Jahrestagung der Hugo ObermaierGesellschaft seinem Andenken gewidmet wurde, an diesen großen Gelehrten.
Die “Hugo ObermaierGesellschaft für Erforschung des Eiszeitalters und seiner Kulturen” wurde anlässlich der Festwoche des Kreises der Freunde der Universität Regensburg am 23. Juni 1951 an der Hochschule Regensburg ins Leben gerufen. Gründer war der Erlanger Prähistoriker Professor Lothar Zotz. Neben der Pflege und Förderung der Altsteinzeitforschung, der sich Hugo Obermaier verschrieben hatte, will die Gesellschaft besonders die Beziehungen zu ausländischen Fachkollegen im Geiste des Verewigten wahrnehmen – so etwa wurde das satzungsgemäße Ziel im Band 5 des Jahrbuchs Quartär (1951, S. 149) festgehalten. Bald zeigte sich, dass eine Beschränkung allein auf das Eiszeitalter nicht sinnvoll sein würde, da es doch im frühen Postglazial an der Wende vom Mesolithikum zum Neolithikum mancherlei kulturgeschichtliche Überschneidungen und Verknüpfungen gibt. Deshalb erhielt die Gesellschaft im Jahre 1956 die bis heute gültige Namensänderung in “Hugo Obermaier-Gesellschaft für Erforschung des Eiszeitalters und der Steinzeit”